12. bis 16. Jahrhundert

Um 1140 ist auch diese durch eine Kirche aus Stein ersetzt worden. Die Spuren dieser romanischen Kirche sind noch heute zu finden: die Kämpferfriese im Chorraum, die Fensternischen an der Nord-, und Südwand und der Sitz draußen vor der Turmtür, welcher eine umgekehrte romanische Säulenbasis ist.
Im 13. Jahrhundert wurde die Sakristei angebaut. Ein großer Umbau im spätgotischen Stil geschah 1516 - 1522. Aus dieser Zeit stammt auch das Netzgewölbe mit der heute sichtbaren Malerei. In dieser Zeit ist auch die Reformation in Eilenburg eingezogen. Martin Luther war mehrere Male in Eilenburg und predigte während des Umbaues der Kirche in der Petruskapelle im Schloss. Später, 1522, 1536 und 1545 nachweislich in der Marienkirche.

17. und 18. Jahrhundert

1603 erhielt die Kirche eine Orgel und 1625 drei Glocken. Heute ist davon nur eine erhalten geblieben, da die beiden anderen Kriegen zum Opfer fielen. Zeitgleich wurde der Taufstein vom Grafen zu Mansfeld und Heldrungen gestiftet, dem damaligen kurfürstlichen Hauptmann der Ämter Leipzig und Eilenburg. Daher stehen auf dem Taufstein die Buchstaben: P.E.G.U.H.Z.M.E.H.Z.H.für Phillip Ernst, Graf und Herr zu Mannsfeld, Edler Herr zu Heldrungen. Auf dem Wappen am Taufstein stehen die Buchstaben: E.G.Z.M.G.R.V.P. für Elisabeth, Gräfin zu Mannsfeld, geborene Reußin von Plauen. Aus dieser Zeit stammt auch der Altaraufbau mit den Szenen aus der Bibel. Im Chorraum sind zwei Sakramentnischen zu sehen. Die kleinere ist noch aus der romanischen Kirche und die zweite ist bei dem Umbau 1522 dazugekommen. Sie dienten zur Aufbewahrung der Abendmahlgeräte. Mehrere Grabmähler sind erhalten, wobei die Chronik von 1696 noch viel mehr Grabsteine beschreibt, die inzwischen abhanden gekommen sind. Die Bilder aus der Orgelempore zeigen von links nach rechts Szenen aus der christlichen Geschichte.