12. bis 16. Jahrhundert

Um 1140 ist auch diese durch eine Kirche aus Stein ersetzt worden. Die Spuren dieser romanischen Kirche sind noch heute zu finden: die Kämpferfriese im Chorraum, die Fensternischen an der Nord-, und Südwand und der Sitz draußen vor der Turmtür, welcher eine umgekehrte romanische Säulenbasis ist.
Im 13. Jahrhundert wurde die Sakristei angebaut. Ein großer Umbau im spätgotischen Stil geschah 1516 - 1522. Aus dieser Zeit stammt auch das Netzgewölbe mit der heute sichtbaren Malerei. In dieser Zeit ist auch die Reformation in Eilenburg eingezogen. Martin Luther war mehrere Male in Eilenburg und predigte während des Umbaues der Kirche in der Petruskapelle im Schloss. Später, 1522, 1536 und 1545 nachweislich in der Marienkirche.

17. und 18. Jahrhundert

1603 erhielt die Kirche eine Orgel und 1625 drei Glocken. Heute ist davon nur eine erhalten geblieben, da die beiden anderen Kriegen zum Opfer fielen. Zeitgleich wurde der Taufstein vom Grafen zu Mansfeld und Heldrungen gestiftet, dem damaligen kurfürstlichen Hauptmann der Ämter Leipzig und Eilenburg. Daher stehen auf dem Taufstein die Buchstaben: P.E.G.U.H.Z.M.E.H.Z.H.für Phillip Ernst, Graf und Herr zu Mannsfeld, Edler Herr zu Heldrungen. Auf dem Wappen am Taufstein stehen die Buchstaben: E.G.Z.M.G.R.V.P. für Elisabeth, Gräfin zu Mannsfeld, geborene Reußin von Plauen. Aus dieser Zeit stammt auch der Altaraufbau mit den Szenen aus der Bibel. Im Chorraum sind zwei Sakramentnischen zu sehen. Die kleinere ist noch aus der romanischen Kirche und die zweite ist bei dem Umbau 1522 dazugekommen. Sie dienten zur Aufbewahrung der Abendmahlgeräte. Mehrere Grabmähler sind erhalten, wobei die Chronik von 1696 noch viel mehr Grabsteine beschreibt, die inzwischen abhanden gekommen sind. Die Bilder aus der Orgelempore zeigen von links nach rechts Szenen aus der christlichen Geschichte.

ab 19. Jahrhundert

1851 wurde das Innere der Kirche wieder umgestaltet. Die Kanzel und Seitenemporen wurden erneuert.
1863 baute Conrad Geißler die Orgel um und erweiterte sie
1945 ist die Kirche durch Artilleriebeschuss beschädigt worden. Ein Pfeiler wurde zerstört und damit auch ein Stück vom Gewölbe, sowie alle Fenster
1946 - 1948 wurden die Schäden ausgebessert
1962 wurde die Südseite und 1980 die Nordseite des Schieferdaches erneuert
1981/1982 wurde das Kirchenschiff verputzt und 1983 sechs neue Fenster eingesetzt sowie die Sakristei renoviert
1984 erfolgte die Renovierung des Altarraumes
1985 ist der Turm abgeputzt und die Innenrenovierung fortgesetzt worden (sechs neue Fenster)
1986 wurden die Seitenschiffe und der Fußboden erneuert
1987 am 4. Oktober konnte die "neue" Kirche feierlich eingeweiht werden.
1989/1990 Die Kanzel, der Taufstein und der Altar sind restauriert worden.
1999/2000 Die 1863 von Conrad Geißler gebaute Orgel wird durch die Kirchengemeinde für insgesamt 300 000 Mark restauriert. Am 29. Oktober 2000 weiht sie der frühere Gewandhaus-Organist Matthias Eisenberg nach 25 Jahren des Schweigens mit einem Benefizkonzert ein.
2007 Abriss des Pfarrhauses
2010 Bis 2011 erfolgt die rund eine Million Euro teure Hangsicherung des Burgberges unterhalb der Marienkirche.